Tanıtım
Yaşam Bilimlerinde Veri Analizi
2023-02-03
Hoşgeldiniz
Ders hakkında bilgi
- Dersimiz çevrimiçi olarak Microsoft Teams platformu üzerinde işlenecek
- Video kayıtları Teams platormunda ve Uzaktan Eğitim sisteminde paylaşılacak
- Dersin internet sitesi: https://emrahkirdok.github.io/ybva/
- Sınavlar hakkında açıklama ilerleyen haftalarda yapılacak
Ders hakkında bilgi
- Dersler video üzerinden anlatılacak
- Sorular Discord üzerinden!
- Uzaktan eğitim sisteminde sorumluluk sizde!
- R ve Rstudio programları kullanılacak
Neden YBVA
Yaşam Bilimlerinde Veri Analizi
- Yaşam bilimleri alanında hızlı bir gelişme var
- Dizileme teknolojileri sayesinde büyük miktarda veri üretildi
- Ancak bu veriyi analiz edebilecek insan sayısı kısıtlı
- Biz bu noktaya odaklanıyoruz
Örnek: Dizileme verisi
NCBI dizi okuma arşivindeki veri miktarının artışı
Örnek: Türkiye deprem verisi
- Sadece biyolojik veri olmasına gerek yok
- Artık bir veri dünyasında yaşıyoruz
- Mesela Türkiye ve çevresindeki depremleri incelemek ister misiniz?
Örnek: Türkiye deprem verisi
Deprem verisini analiz etmek ister misiniz?
Veri Bilimi
Yeni bir bakış açısı
- Artan veri miktarı yeni bir bakış açısını gerekli kıldı
- Artık veri üzerinde çalışıyoruz
Kısıt!
- Ancak bu kadar veriyi analiz edecek insan sayısı az!
- Geleceğin mesleği (on yıl sonra yerini başka bir geleceğin mesleğine devretmek üzere!)
Neden Veri Bilimi?
Verinin sakladığı gizemler
- Bilimsel yöntem genelde gözlemden sonuca gider
- Ancak artık sonuçtan gözleme gidiyoruz!
- Ancak özel ekipman kullanmamız gerekli
Havalı bir meslek!
Chandler Bing’in mesleği
Bilgisayarlar
Bilgisayarlar
- Adı üstünde bilgi sayar
- Temel işi saymak
- Sadece sayısal bilgi işleyebilir
- Genelde sayılar birşeyleri temsil eder
Sayılar neyi temsil eder?
Harfleri:
- A, B, C, d, e
Notaları
Sayılar neyi temsil eder?
Kedileri?
Sayılar neyi temsil eder?
Gri tonlama
Sayılar neyi temsil eder?
DNA’yı:
TCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGC TAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA GCTAGCTAGTCAGTCGTACGTA GCTAGCTAGCTAGCTAGTCGAT CGATCA
Sayılar neyi temsil eder?
Proteinleri:
QYINQSICIIYYMCTIKFSLWF LPGTKVCRCPVIQYDKFTRGYG LACTEEVATAQRYSRTIVRLWC EPKNRHCRGRDKNEGSLHASMF YQDTCWDDPYRLFKERYRCMPT NAQLTWTYYW
Bilgisayarlar bu verilerle ne yapar?
Veriler bilgisayarlar yardımıyla işlenir
Bir konumdan başka bir konuma iletilir ve ve dönüştürülmesi
Verilerin uzun süreli depolanması
Bilgisayarlar
CPU
Bilgisayarın temel bilgi işleme birimi.
Bütün parçalar arasındaki koordinasyonu sağlamaktan sorumlu
Bir orkestra şefi gibi
RAM
Rastgele hafıza erişimi (Random Access Memory).
Bilgisayardaki birincil hafıza birimi. Sadece aktif olarak kullanılan veriler depolanır.
Ancak kısa süreldir ve kalıcılığı yoktur. Enerji kesildiğinde silinir.
Harddisk
İkincil depolama birimi olarak kullanılır.
Uzun süreli bir depolama sağlar.
Ucuz ancak yavaş bir depolama birimi.
Dosyalar
Sayıları depoladığımız listeler. Her dosyanın:
- ismi
- oluşturulma tarihi
- boyutu
- kullanım hakları
bulunur
Dosya isimleri
Bir karakter listesi:
- harfler
- numaralar
- semboller
- 250 karater uzunluğunda olabilir
Aşağıdakiler hariç:
- Türkçe karakter ve boşluk!
- **/, :, +, |, <, *, >, ” ve ’ **
Dosya isimleri
Unix/Linux sistemlerde büyük ve küçük harfler farklıdır.
Her dosyanın uzantısı vardır (zorunlu değil ama anlaşılmayı kolaylaştırır):
- exe
- jpg
- doc
- txt
Dosya tipleri
Temel olarak iki tip dosya var:
- Metin dosyaları
- Sadece düz metin içerirler
- Anlaşılabilir
- İkili dosyalar
- Sayısal bilginin ikili şekilde düzenlenmiş hali
- ses, resim dosylaları
Metni ifade etmek
En basit metin gösterim metodu her bir karakteri tek bir bit ile ifade etmek
İngilizce için ASCII isimli bir kodlama var
Sıfır - 127 arasındak her numara bir sembol veya bir sinyal olarak ifade edilir:
- Yeni satır
- Tab
- boşluk
- Silme tuşu
ASCII code
| 30 | 40 | 50 | 60 | 70 | 80 | 90 | 100 | 110 | 120 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | ( | 2 | < | F | P | Z | d | n | x | |
| 1 | ) | 3 | = | G | Q | [ | e | o | y | |
| 2 | 4 | > | H | R | \ | f | p | z | ||
| 3 | ! | + | 5 | ? | I | S | ] | g | q | { |
| 4 | ” | , | 6 | @ | J | T | ^ | h | r | | |
| 5 | # | - | 7 | A | K | U | i | s | } | |
| 6 | $ | . | 8 | B | L | V | ` | j | t | ~ |
| 7 | % | / | 9 | C | M | W | a | k | u | |
| 8 | & | 0 | : | D | N | X | b | l | v | |
| 9 | ´ | 1 | ; | E | O | Y | c | m | w |
Non-English languages use numbers between 128 and 255 for symbols like “Ç”, “Ö”, “É”, “Ñ”
Metin dosyaları
İkili dosyalar
R ve RStudio
Yeni bir çalışma biçimi
Başlangıçlar hep zor!
O zaman başlayalım!
Yaşam Bilimlerinde Veri Analizi